נתן יונתן הוא אחד המשוררים המולחנים ביותר בזמר העברי במאה העשרים. מי שרוצה להאזין למבחר מהשירים המולחנים של נתן יונתן יכול לרכוש את אחד מהאוספים הבאים:

1. "בין אביב לענן" – אוסף מחומש שיצא ב-2003, כחצי שנה לפני מותו של נתן יונתן, בחברת ״מאגרי מוזיקה״ של נחצ׳ה היימן. האוסף כולל 80 משיריו המולחנים של נתן יונתן, חלקם בביצועים מוכרים וחלקם בביצועים מקוריים ונדירים, וכן דיסק בונוס ובו 35 שירים המוקראים על ידי נתן יונתן על רקע אינסטרומנטלי שחיבר נחצ'ה היימן.

2. "במקום פרידה" – אוסף כפול שיצא ב-2006, במלאת שנתיים לפטירת נתן יונתן, בחברת NMC. אוסף זה ניתן גם להורדה בתשלום.

בנוסף, במלאת 6 שנים לפטירתו, שודרה ברדיו ClickFM תכנית מיוחדת בת 3 שעות משיריו המולחנים של נתן יונתן בעריכת ברק פז ובהגשת אלעד בנארי. ניתן להאזין להקלטה של התכנית בקישור המצורף.